味噌や納豆の原料である大豆には、β-コングリシニン、レシチン、イソフラボン、サポニン、フェルラ酸、GABA（γ-アミノ酪酸）といった様々な機能性成分が含まれていて、大豆を発酵させることによりイソフラボンの抗酸化活性が強まる。

日本の発酵食品の最大の特色は麹菌という黴を使うことと種類が非常に多いこと。発酵食品の健康効果は栄養素や機能性成分の増加、腸内環境の改善、消化と吸収の負担軽減。発酵化学（醗酵学）は二度目の人生を本気で生きるために必要不可欠な健康の土台の知識

発酵とは微生物の代謝によって人間にとって有益な物質が産生されること。発酵食品とは発酵という過程が加わった食品。発酵に利用している微生物には、細菌類の乳酸菌、酢酸菌、酪酸菌、納豆菌、真菌類の酵母（酵母菌）と糸状菌（黴）の麹菌（麹黴）等がある。

豆乳には蛋白質、カリウム、マグネシウム、ビタミン、β-コングリシニン、レシチン、イソフラボン、サポニンが、ココナッツミルクにはカリウム、マグネシウム、中鎖脂肪酸（MCT）が、野菜ジュースにはリコピン、β-カロテン、ポリフェノールが豊富。

高カカオチョコレートと純ココアには蛋白質、脂質、炭水化物、食物繊維、カリウム、カルシウム、マグネシウム、鉄、亜鉛、ビタミンE、B1、B2、ポリフェノールやテオブロミンが、黒糖にはカリウム、カルシウム、マグネシウム、亜鉛、ビタミンB群が豊富。

ワカメにはマグネシウム、フコキサンチンが、ヒジキには食物繊維、カリウム、カルシウム、ビタミンE、アルギン酸が、海苔には、蛋白質、ω3系脂肪酸のEPA、鉄、亜鉛、ビタミンA、B1、B2、B6、B12、C、葉酸、タウリンが豊富に含まれている。

栄養素と機能性成分の多くが乾燥・濃縮によって単位重量当たりの含有量が増加する。ビタミンCの含有量が減少し、果物の種類や乾燥方法によって減少するビタミンや機能性成分がある。高カロリーかつ高GIとなる。食品添加物が使用されている場合がある。

林檎にはプロシアニジン、エピカテキン、フロリジンが、バナナにはフラクトオリゴ糖、ポリフェノールが、ブルーベリーにはアントシアニン、プテロスチルベン、レスベラトロールが、柿にはβ-クリプトキサンチン、カテキン、クロロゲン酸が含まれる。

きのこ類には食物繊維、カリウム、ビタミンD、B群（B12を除く。)、蛋白質が豊富であり、免疫力を強化して癌を抑制するβ-グルカン、耐糖能を改善するトレハロースが含まれる。椎茸には血漿コレステロール濃度を低下させるエリタデニンが含まれている。

玉葱に含まれる蛋白質、脂質、ミネラル、ビタミンと食物繊維は少ないがケルセチンとスルフィド（硫化アリル）が豊富。人参にはビタミンAの前駆体であるβ-カロテンとα-カロテン、カリウムが豊富。ごぼうにはイヌリン、カリウム、マグネシウムが豊富。